Мозг-матрешка - это сфера Дайсона со вложенными сферами Дайсона меньшего размера, вплоть до самой звезды. Каждый слой такой сферы - мощный вычислительный и, видимо, очень разумный комплекс.
Мозг матрешки - это когда снимаешь один пустой, тупой слой и думаешь, ну вот он, настоящий мозг (вариант - кукловод). А мозга или кукловода нет, даже на самом глубоком уровне - чистое дерево. Но зато какое расписное! )
Что интереснее для сюжета, решайте сами )